Ces 7 équipes présentent un ensemble d’expertises complémentaires dans les domaines de la chimie environnementale (échantillonnage intégratif et analyse des polluants chimiques dits ‘émergents’ dans différentes matrices environnementales - eau, périphyton, sédiment ; UR RiverLy LAMA), de l’écologie microbienne (étude de la diversité microbienne, du potentiel et de l’expression génétique ; UMR CARRTEL, UMR LEM, UMR Agroécologie), de l’écotoxicologie microbienne (approches PICT ; UR RiverLy EMA) et de la bactériologie (détection, isolement et caractérisation de microorganismes pathogènes) environnementale (UMR Agroécologie, UMR LEM), clinique (laboratoire de Bactériologie du CHU de Dijon ; UMR LEM) et vétérinaire (UMR LEM).

UR RiverLy (EMA - écotoxicologie microbienne aquatique et LAMA – laboratoire de chimie des milieux aquatiques)

INRAE, Villeurbanne

L’UR INRAE RiverLy (Unité de recherche et de développements pluridisciplinaires sur le fonctionnement des hydrosystèmes) regroupe deux laboratoires impliqués dans le projet.

• Le laboratoire EMA étudie les réponses des communautés microbiennes benthiques (périphyton et sédiments) à des niveaux variables de pression toxique, dans des contextes de stress multiples. Pour ce faire, des approches en milieu naturel sont couplées à l’utilisation de systèmes expérimentaux, de type microcosmes ou canaux artificiels , pour i) étudier les effets toxiques sur la structure et le fonctionnement des communautés étudiées, ii) évaluer leur capacité adaptative aux expositions chroniques et leur faculté de résilience et iii) contribuer au développement d’outils de bioindication basés sur des mesures microbiennes fonctionnelles (ex. approches PICT et suivi du potentiel de biodégradation).
• Le laboratoire LAMA a pour objectif d’évaluer le devenir des contaminants dans les hydrosystèmes pour réduire les apports et les risques. Pour ce faire, il réalise des recherches visant à i) caractériser les sources et les voies de transfert des contaminants, ii) comprendre le comportement et le devenir des contaminants dans les milieux aquatiques, iii) développer des méthodes et technologies innovantes pour améliorer le suivi de la contamination dans les milieux aquatiques et iv) caractériser l’exposition des organismes et évaluer la biodisponibilité des contaminants.

Dans le projet PharmOneHealth, l’UR RiverLy sera notamment en charge de la mise en place et du suivi des expériences réalisées dans les canaux artificiels de laboratoire, de l’organisation et de la réalisation des campagnes d’échantillonnages dans les deux rivières, des analyses physico-chimiques (incluant le dosage des substances pharmaceutiques dans les différentes matrices) et de la réalisation des approches PICT.
Membres impliqués : S Pesce (DR – écotoxicologie microbienne), C Miège (DR – chimie environnementale, pharmaceutiques), M Masson (IR – chimie environnementale, nutriments et matières organiques),  B Volat (IE – approches PICT), B Motte (AI – prélèvements in situ), A Daval (AI – analyses substances pharmaceutiques), C Rosy (TR – gestion des canaux artificiels), C Brosse (IE – analyse matières organiques), H. Rogue (Doctorante – Dec 2022- Dec 2025), A. Thiery (stagiaire M2 – Fev 2024 - Juin 2024), T. Chapuis (AI – Nov 2023 - Avril 2024).

UMR LEM (BPOE - bactéries pathogènes opportunistes et environnement)
Univ. Lyon I, CNRS, VetAgro sup, INRAE

L’UMR LEM est une unité mixte de recherche composée de 7 équipes qui regroupent des chercheurs de l’Université Claude Bernard Lyon 1, de VetAgro Sup (école vétérinaire), du CNRS et d’INRAE. Les travaux de l’équipe LEM-BPOE se positionnent dans les domaines One Health / global health où des approches holistiques sont développées pour mieux comprendre les inter-connexions entre les niveaux d'organisation de l'être humain, les pratiques impactant la qualité des milieux naturels ou urbains, et les infections bactériennes d’origine environnementale. Les travaux de l’équipe prennent en compte la complexité des microbiomes, et cherchent à préciser leur résistance / résilience face aux invasions de BPO. Des recherches sont également effectuées pour identifier les éléments génétiques, propriétés métaboliques, et métabolites secondaires explicatifs des synergies ou antagonismes observés entre BPO et autres composantes des microbiotes. Cette équipe est coordonnée par B. Cournoyer (> 108 publications, h-index=32 - google scholar).
Dans le projet PharmOneHealth, l’équipe LEM-BPOE sera notamment en charge du développement de la puce (array) de qPCR/ddPCR devant permettre de suivre l’évolution des contenus en gènes de virulence et espèces bactériennes pathogènes au sein des communautés microbiennes. Ce travail nécessitera une phase de validation de l’array PCR développé (6 mois) (n=50 cibles PCR) puis son application sur extraits d’ADN (selon les étapes du projet). Les biais de répartition en fonction des variables environnementales seront étudiés en utilisant des outils statistiques appliqués dans d’autres travaux de l’équipe. Les corrélations entre occurrence de substances pharmaceutiques, de gènes de virulence, bactéries pathogènes et sources de contaminations seront recherchées.
Membres impliqués : B. Cournoyer (DR – écologie microbienne); W. Galia (MCF – écologie microbienne), V. Roddriguez-Nava (PU – écologie microbienne), D. Mouniée (tech – approches moléculaires), L.  Marjolet (IE – approches moléculaires), B. Luton (IE – Mars 2023 - Jan. 2024)

UMR CARRTEL
Université Savoie Mont Blanc – INRAE, Le Bourget-du-Lac

L’UMR CARRTEL - Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Ecosystèmes Limniques est une unité mixte de recherche regroupant des chercheurs de l’Université Savoie Mont Blanc et d’INRAE. Cette unité développe des travaux en écologie fonctionnelle appliquée aux écosystèmes aquatiques, en particulier lacustres. Un des principaux domaines de compétence concerne la caractérisation de la diversité des communautés benthiques (notamment microbiennes) et le rôle fonctionnel de cette diversité au sein des écosystèmes lacustres. Le CARRTEL développe depuis de nombreuses années des approches moléculaires centrées sur les matrices environnementales périphytiques et sédimentaires.
Dans le projet PharmOneHealth, l’UMR CARRTEL sera notamment en charge de la caractérisation de la diversité bactérienne des communautés des biofilms périphytiques et sédimentaires à travers des approches moléculaires de séquençage massif des gènes codant l’ARNr 16S suivies de l’analyse bioinformatique des jeux de séquences obtenus.
Membres impliqués : E. Lyautey (MCF – Ecologie microbienne), N. Tissot (AI – biologie moléculaire), L. Susset (étudiant M2, Mar. 2024 - Jul. 2024)

UMR Agroécologie
INRAE, Université de Bourgogne / Institut Agro Dijon / UBFC Dijon

L’UMR Agroécologie regroupe deux laboratoires impliqués dans le projet.

• L'équipe de Microbiologie Environnementale (MERS) a une forte expérience dans le décryptage du devenir des bactéries pathogènes humaines et animales dans le sol et l'environnement végétal. La dissémination de la résistance aux antibiotiques dans les matrices environnementales est un sujet majeur abordé par l'équipe. Différents modèles ont été explorés, notamment les E. coli producteurs de BLSE et Klebsiella pneumoniae. Des résultats significatifs ont été obtenus sur la détermination des paramètres de la persistance de Listeria monocytogenes dans les sols et à la surface des racines des plantes. Nous avons démontré depuis 2012, la persistance environnementale d'E. coli BLSE dans le sol, les eaux de surface ainsi que les eaux souterraines. L'équipe MERS a participé à deux projets ANR (Contaminants Environnement Santé) et a coordonné un programme PNREST de l'ANSES concernant le rôle des STEP dans la dissémination des E. coli à BLSE dans les sols et les masses d'eau. L'équipe MERS a également participé à deux programmes EJP METVEBKLEB et LISADAPT portant sur la génomique comparative de Klebsiella et Listeria provenant de divers environnements (clinique à sol) suivant une approche One Health. L’équipe MERS collabore depuis 2009 avec le laboratoire de Bactériologie du CHU de Dijon (UMR ChronoEnvironnement) sur la thématique « One Health ». Cette collaboration de longue date a permis la production de plusieurs travaux et communications en commun.
  Dans le projet PharmOneHealth, l’UMR Agroécologie sera notamment en charge de l’isolement de certaines souches du groupe ESKAPE, en particulier les Klebsiella et Enterobacter dans les échantillons prélevés in situ, ainsi que de la caractérisation de la charge des matrices environnementales en E. coli et souches productrices de BLSE, la dissémination environnementale de ces gènes sera également étudiée. Plusieurs GRA et gènes caractéristiques d’intégrons (dont sul1, intI1, qnr, qepA, etc.) seront détectés par qPCR. L’utilisation d’outils éléctrochimiques pour la biosurveillance de E. coli ainsi que les gènes codant pour les BLSE sera testée.
  Membres impliqués : A. Hartmann (DR - écologie microbienne), L. Gal (MCF - écologie microbienne biochimie), M. Rochelet (MCF - électrochimie), G. Depret (IE - écologie moléculaire)
• Les membres du laboratoire de Bactériologie du CHU de Dijon impliqués dans le projet étudient l’épidémiologie et les mécanismes de résistance chez les bacilles à Gram négatif (approches culturales et moléculaires) : i) étude de l'environnement génétique des gènes de résistance aux antibiotiques (particulièrement les beta-lactamines) chez les entérobactéries responsables d'infections nosocomiales, ii) étude des bactéries appartenant au genre Achromobacter. Le laboratoire étudie l’épidémiologie chez les patients avec la détection des sources de contamination et la comparaison des souches par génotypage. Des méthodes spécifiques ont été développées pour l’isolement des souches à partir de l’environnement et pour l’identification précise des espèces par spectrométrie de masse. Le laboratoire étudie également les mécanismes des résistance innée ou acquise aux antibiotiques des souches avec en particulier le rôle des pompes d’efflux et des beta-lactamases. Lors de l’exposition des souches aux fluoroquinolones, il a été démontré par analyse transcriptomique et inactivation génique que certaines pompes d’efflux étaient surexprimées, ce qui pouvait engendrer des résistances à d’autres antibiotiques.
  Dans le projet PharmOneHealth, le laboratoire de Bactériologie du CHU de Dijon (UMR ChronoEnvironnement) sera notamment en charge de la détection par approche culturale des souches d’Achromobacter dans les prélèvements in situ, de décrire les phénotypes de résistance des souches d’Achromobacter en fonction des degrés de pollution, de comparer les souches détectées avec les isolats cliniques, et d’étudier les mécanismes de résistance acquise des souches isolées dans les différents sites et après exposition aux 3 molécules modèles en canaux artificiels (étude en particulier des efflux par approche culturale et transcriptomique). En collaboration avec l’UMR Agroécologie, les phénotypes et mécanismes de résistance des souches du groupe ESKAPE seront également étudiés.
  Membres impliqués : L. Amoureux (MCU-PH-Bactériologie médicale), C. Neuwirth (PU-PH-Bactériologie médicale), J. Bador (PH- Bactériologie médicale), A. Magallon (Assistant Hospitalier Universitaire - Bactériologie médicale), C. Demeule (Interne- Bactériologie médicale).